一般而言，水質基準的設立，除了針對野外水質持續長期的調查監測外，還必須在實驗室內研究該魚對各種環境需求的範圍，從急性毒性、慢性毒性到生理影響等詳細資料，並配合其水域的水質加以訂定。以台灣目前的法規為例，在地面水體分類及水質標準中有明訂在陸域地面水體供鱒魚、香魚及鱸魚培養用之水源屬於一級水產用水，適用陸域地面水體(河川、湖泊)中乙類標準。該標準針對氫離子濃度、溶氧量、生化需氧量、懸浮固體、大腸桿菌群、氨氮及總磷有詳細規範。另外針對重金屬與農藥等具生物累積性的物質，也以保護人體健康的前提下，具體標示各金屬物質與農藥的基準值。而歐盟特別針對淡水魚類中的鮭鯉魚訂定法規標準，列管包括溫度、溶氧、酸鹼度、懸浮固體、生化需氧量、總磷、亞硝酸鹽、酚、石油碳氫化物、非離子態氨、總氨、總餘氯、總鋅及溶解銅等十四個水質項目。加拿大環保署則對多環芳香烴PAHs、放射性金屬物(鈾)、環境荷爾蒙(壬基酚)另外列管。美國環保署則是依據各州湖泊水庫劃分不同生態保護區，分別列管總磷、總氮、葉綠素a及濁度等項目。
魚類長期生活在水中，故水質的好壞也直接反應魚類棲息地品質，進而影響魚群數目的多寡。以台灣特有的櫻花鉤吻鮭為例，鮭魚屬於冷水性魚類，故水溫是直接影響鮭魚的生存條件，它們最適合生長在5~17℃的水溫範圍內，孵化時則降為7~12.5℃範圍內。另外，水中酸鹼度、溶氧量、營養鹽濃度、濁度等等水質檢測常見項目，也間接影響鮭魚生存條件。因此為了維護其族群繁衍與生存，除了要對它的棲息地水質做監測瞭解之外，對於櫻花鉤吻鮭棲息水域也有必要訂定水質基準，使水質維持在最佳範圍內，以保護鮭魚的棲地環境。接著，就讓我們以幾個常見的水質檢測項目來說明台灣櫻花鉤吻鮭棲息地七家灣溪流之水質監測結果。
水中硝酸鹽含量為水質優養化的指標之一，若大於10 ppm會加速水中藻類繁殖，並使得溶氧減少。學者建議水中硝酸鹽濃度維持在2 ppm以下，加拿大環保署規定須低於13 ppm。七家灣溪流域硝酸鹽濃度介於0.44~1.51 ppm之間。亞硝酸鹽氮為一具有毒性的物質，學者建議鮭鳟魚類對水中亞硝酸鹽氮的忍受濃度上限為50 ppb，孵化時則需低於30 ppb；歐盟訂定上限為3.0 ppb；加拿大環保署則規定須低於60 ppb。七家灣溪流域除有勝溪外，亞硝酸鹽氮濃度維持在3 ppb之下。另外，當pH值過高水中氨會以劇毒性之非離子狀態存在，對魚類造成影響，故學者建議水中氨濃度應小於12.5 ppb，歐盟則嚴格訂定水中非離子態氨濃度須小於4 ppb，總氨濃度須小於30 ppb。七家灣溪流域之氨氮濃度於冬至早春季節較高，其餘季節則較少偵測到氨氮。
溫度是評估冷水性鮭魚棲地的重要指標，水溫過低會影響鮭魚的攝食率，過高會使得魚卵不易存活。而且水溫升高會造成水中溶氧量減少，故水溫會直接影響鮭魚的攝食、代謝及生長。七家灣溪流溫度維持在夏季15~18℃，冬季8~12℃。pH值介於6.5~8.5時對魚類生產力最好，pH值大於9或低於5.2時會損害魚類鰓的表面細胞，更會產生大量黏液妨害魚類呼吸。歐盟及我國規定pH應介於6~9之間，七家灣溪流pH值介於6.1~8.4之間，符合保育魚類水質最佳範圍內。
濁度會影響水中能見度，造成鮭魚攝食的有效度降低，懸浮顆粒更容易經由摩擦對水棲生物造成物理性的傷害，若附著於魚卵表面，則其透氧率會降低導致孵化率亦隨之降低。國內學者建議濁度要求在5 NTU之下，七家灣溪流域濁度值在2 NTU以下符合要求。冷水性鮭鳟魚類對溶氧的需求在7 ppm以上，溶氧過低會影響消化作用，當低於2.65 ppm以下時便會產生窒息現象；溶氧過高會造成鰓微血管和皮下組織出現氣泡，妨礙血液循環而使魚類出現呼吸困難導致死亡。我國規定溶氧量應維持在5.5 ppm以上，歐盟則規定在 6 ppm以上。七家灣溪流域大部分水系溶氧值維持在7.0~14.1 mg/L之間。導電度表示水中離子的含量多寡，鮭魚最適水中導電度條件介在120~450 μmho/cm之間。七家灣溪流導電度介於71~392 μmho/cm之間，中下游的農耕活動會造成導電度值提高；水量多寡也會影響水中導電度，在枯水期冬及春季時測得之導電度值較高。
以上列舉了幾種常見的水質項目說明七家灣溪流域的水質概況，雖然目前我國環保署並未特別針對鮭魚棲息水域訂定詳細水質標準，但期盼未來在行政院環境資源部成立之後能整合各部會的資源，有效統合水域資源規劃與物種保育事宜，訂定不同魚種的水質基準，維護生物多樣化之生態環境。
圖一、有勝溪收費口照片
圖二、觀魚台採樣照片