台灣櫻花鉤吻鮭的老家位於大甲溪上游之六條支流，包括七家灣溪、高山溪、有勝溪、南湖溪、司界蘭溪與合歡溪等。但是，可能因為人為活動增加、溪流中的攔沙壩阻隔了鮭魚洄游、颱風的洪水沖刷與近年來氣候變遷帶來極端氣候等因素影響，擾亂了櫻花鉤吻鮭原本舒適的棲息地。目前鮭魚的分布範圍僅剩七家灣溪、高山溪、桃山西溪、桃山北溪，與近年人工放流的司界蘭溪和羅葉尾溪。台灣櫻花鉤吻鮭的生存環境日漸險峻，棲地環境逐漸惡化，是造成魚群數量減少的主要原因。
近年來，在雪霸國家公園管理處的櫻花鉤吻鮭棲地保育推動下，藉由專業研究人員的研究櫻花鉤吻鮭適合之生態環境，監測並評估原有的歷史棲地是否仍然適合櫻花鉤吻鮭生存，並研選合適的潛在放流點，讓鮭魚復育計畫雙管齊下並相輔相成，希望能成功復育櫻花鉤吻鮭，並使之優游於在大甲溪上游溪流中。
整體的生態環境評估與監測有許多面向，從動植物相的觀察，陸棲昆蟲、魚類、兩生爬蟲類、哺乳類、鳥類，到植物相，藻類、沿岸植被等在不同的空間與時間上的變化都需要監測。其中以物理棲地、水質，以及水生昆蟲，即是鮭魚的食物來源，為最直接影響櫻花鉤吻鮭生存環境的重要因子。
羅葉尾溪海拔約2000公尺，河段全長約4公里，位於有勝溪的上游，有勝溪海拔約1900公尺，兩條溪流不同的地方是，羅葉尾溪河寬約10公尺，地處隱密，不易受人為活動干擾，而有勝溪處於開放水域，河寬較大的地方約有15公尺以上，沿著台七甲線，是北部交通往武陵農場方向的主要幹道，容易因假日觀光人數暴增而增加人為污染物質的輸入，而有勝溪周邊農耕活動區域較為廣大，農作物施肥的主要元素氮，容易經由降雨隨著逕流帶入溪流中，影響著溪流中的營養鹽濃度(藻華的元兇)，是有勝溪最主要的污染來源。洪水期與枯水期也會影響水體品質，洪水期因水量大而有稀釋作用，讓污染物濃度降低，反之枯水期會使水質劣化。由於降雨沖刷造成表面逕流，沖刷化學肥料等物質並溶於中，快速地將汙染物輸入溪流中，影響水體品質。羅葉尾溪流域pH值介於7.19~8.96區間，不同於武陵地區各溪流有季節性變化。有勝溪周邊有大範圍的農耕活動，常因使用化學肥料，經由降雨，導致中下游溪段的營養鹽濃度與導電度皆高於武陵地區各溪流，僅羅葉尾溪放流點與南湖登山口測站因周圍較無農耕活動，導電度與營養鹽濃度較低。
最適合櫻花鉤吻鮭地棲地型態主要是深潭與緩流，而其次才是淺灘與急流，底質則是以卵石較適合魚類生存。羅葉尾溪棲地型態主要以淺灘與緩流為主，亦有部分的深潭，底質部分主要是以卵石及粗石為主，可為魚類提供尚佳的生存環境。特別是雪霸國家公園研選之養殖鮭魚放流點棲地形態，與目前鮭魚最適生長之高山溪測站，極為相似。而有勝溪的中游至下游主要以淺灘與緩流為主，底質以卵石及粗石為主，該區段之物理棲地環境，與較不適鮭魚生長之劣質測站武陵收費口近似。
台灣櫻花鉤吻鮭的食物來源主要是水生昆蟲，其種類繁多，也可藉由觀測種類與數量來監測環境變化。武陵地區的水生昆蟲數目，在每年年初達最高峰，隨時間遞減至年中颱風季，昆蟲數目最少，爾後時令進入冬天乾季，昆蟲數目再逐漸增加至隔年年初，如此週而復始。羅葉尾溪鮭魚野放點測站與南湖溪登山口測站，與武陵地區昆蟲數目變化趨勢相似，但有勝溪中下游測站皆是在下半年才達到高峰值。水生昆蟲的多樣性指數RBPII評比，僅羅葉尾溪放流點評為無損害等級，可與武陵地區的優質測站高山溪相比。
近年來，雪霸國家公園管理處積極尋找適合野放之台灣櫻花鉤吻鮭歷史棲地，並整合各生態空間與時間上的多元環境觀察與監測，武陵農場也積極參與、配合並協助研究人員長期監測，期盼台灣櫻花鉤吻鮭能永續生存在歷史棲地中。