近世紀以來因人類的活動所造成的環境污染及氣候變遷的衝擊，許多的生態系統已呈現退化或不穩定，其中又以高山生態系統的反應最為劇烈。高山生態系的環境較為貧瘠且單一，生物所需的各種生存資源來源較少，所以往往高山生態系是最能顯現人為干擾環境變動的指標生態系。台灣雖處亞熱帶區域，但島內高山林立，超過三千公尺以上達百座以上。
雪霸國家公園所處範圍涵蓋了雪山山脈，區內3000公尺以上的高山林立，谿壑深谷密布，形成典型的高山島嶼生態系。雪山山脈為橫跨台灣北部之主要山脊，其中雪山（3886公尺）為國內第二高峰，雪山山脈山勢環境多樣特殊，生物資源豐富。日據時代動物學者兼人類學家的鹿野忠雄(Tadao Kano)，其於1940年所出版的論文，即以雪山為研究地點，探討屬於動物地理學方面的問題。當今面臨氣候溫暖化，高山地區生態系與生物多樣性的衝擊如何，更為值得關切。以保育的長久觀點而言，為保存園區內動物族群的長久續存，避免地域性小族群(small local population)形成。當氣候變化或棲地干擾時，愈高海拔族群受到影響愈大。哺乳類動物在研究與保育的角色常是顯著較為人所注意的生物類群，加上其在生態系角色亦多是食物鏈的高層者或為初級消費者，兩類位階最易受到環境變遷而造成生存的影響，最適作為生態指標物種。而且哺乳類動物亦是人類資源利用的主要對象，因此瞭解一地區的哺乳動物相與其生態分布之重要資訊，為保育策略擬定與生態系經營管理的重要參考。
2009年2010年調查以來，一共捕獲9種的哺乳動物；5種嚙齒目分別為森鼠(Apodmus semotus)、黑腹絨鼠(Eothenomys melanogaster)、高山白腹鼠(Niviventer cullturatus)、高山田鼠(Microtus kikuchii)與條紋松鼠(Tamipos formosanus)；2種鼩型目，分別為短尾鼩(Anourosorex aquamipes)與長尾鼩(Episoriculus fumidus)；2種食肉目為黃鼠狼(Mustela sibirica taivana)與台灣小黃鼠狼(Mustela formosanus)，其中短尾鼩以及台灣小黃鼠狼為今年的新捕獲增加物種。在雪山地區，最為優勢的小型哺乳動物為森鼠、高山田鼠與黑腹絨鼠，森鼠的分佈相當的廣，從登山口（海拔約2100公尺）至雪山主峰（海拔3886公尺）都可以見到他的蹤跡，而高山田鼠分布則受到限制，從369山莊以上才可以見到他肥嘟嘟的身影，黑腹絨鼠又與高山田鼠相反，高海拔地區反而看不到他，黑腹絨鼠於雪山只分布在3.6k以下至登山口這一段之字坡，比較特別的是在今年度，我們在翠池捕獲台灣小黃鼠狼，過去已知台灣小黃鼠狼的分布僅在塔塔加與合歡山地區，現在又多了雪山地區。
利用已捕捉到的小型哺乳類隻數計算Shannon’s diversity index和Simpson’s diversity index，不論是Shannon’s diversity index和Simpson’s diversity index，數據較高值出現在登山口、圈谷與3.6k樣區，Shannon’s diversity index和Simpson’s diversity index的最低值出現在369山莊，從上述多樣性指數來看，三六九樣區之指數最低，七卡亦不高，此或顯示人為活動頻度高造成動物物種減少，且易形成數量集中放大。
除了利用陷阱捕捉動物之外，我們還利用底片式及數位式紅外線自動相機，協助記錄雪山地區的哺乳動物，在2009年的調查中，紅外線自動相機的有效照片結果中，拍到9種哺乳類動物，分別是山羌（Muntiacus reevesi micrurus）、長鬃山羊（Capricornis swinhoci）、台灣獼猴（Macaca cyclopis）、白面鼯鼠（Petaurista alborufus lena）、赤腹松鼠（Callosciurus erythraeus）、長吻松鼠（Dremomys pernyi owstoni）、高山白腹鼠（Niviventer cullturatus）、黃鼠狼（Mustela sibirica taivana）與鼬獾（Melogale moschata subaurantiaca）；今年度的相機資料中，延續去年的發現並新發現了3種哺乳動物，分別為水鹿（Cervus unicolor swinhoei）、白鼻心（Paguma larvata taivana）與台灣野豬（Sus scrofa taivanus），所以由2009年至2010年，一共拍到12種哺乳動物的有效照片。在各物種之中，以山羌、長鬃山羊與台灣獼猴數量最多，其中又以山羌最為優勢，山羌與台灣獼猴的分布一路由登山口至圈谷皆有，其中雪山地區台灣獼猴的分布海拔高度為台灣已知資料中最高，長鬃山羊雖然從七卡山莊以上都有分布，但是主要還是以黑森林以上為主，我們進一步發現冬天天氣較為寒冷的時候，海拔較低的區域比較容易拍攝及觀察到長鬃山羊，是否長鬃山羊會隨著季節改變，而其本身也會往高海拔或中海拔遷徙呢？這還需要更長時間資料的累積，才能回答這個問題。
將較優勢的物種，山羌、長鬃山羊與台灣獼猴的有效照片進行分析。山羌的活動模式為整天都有活動，但有2個主要的活動高峰期，分別為05:00至08:00與16:00至18:00；而長鬃山羊也是整天都有活動，活動高峰期較長為16:00至隔天的08:00；台灣獼猴在晚上則不活動，其活動主要是從06:00-17:00，而活動高峰期為09:00-12:00。再細分非假日與假日的資料，不論是山羌、長鬃山羊與還是灣獼猴，其活動模式於假日跟非假日沒有分別，這也說明雪霸國家公園在雪山東峰、主峰這條登山步道經營管理上很成功，動物的行為模式並沒有因為過多人類活動而受到衝擊，其活動模式在假日與非假日上大致相同，這顯示這條登山路線的登山客數量沒有達到影響動物行為的程度。未來將以登山遊客人數作為干擾因子，以動物出沒時間變化，來瞭解實際動物活動模式的影響。
蝙蝠方面，這兩年來一共捕獲2隻寬吻鼠耳蝠，4隻小蹄鼻蝠與3隻姬管鼻蝠，共9隻個體，雖然大部分的個體都是於七卡山莊樣區捕獲，但是特別的是於2010年6月在黑森林捕獲1隻姬管鼻蝠，此比資料為第一筆超過海拔3000公尺的蝙蝠記錄。
迄今調查一些高山型食肉目動物，如黃喉貂及黑熊並未發現，特別是明星物種台灣黑熊，這兩年的調查中，一直耳聞有登山客巧遇黑熊，但是本調查一直沒有追蹤到台灣黑熊的任何出沒的痕跡，或因相機位置，或因族群量稀少之故，尚待未來更長期調查資料收集，方能更進一步說明。