面對全球氣候暖化及變遷威脅，改善臺灣櫻花鉤吻鮭的現存棲地就更顯重要，雪霸國家公園管理處歷經25年的努力貫徹就地及移地保育，進行一系列的措施包括改善高山溪及七家灣溪一號攔砂壩、農地回收造林、歷史溪流放流等。並透過科學的研究調查，來檢視、評估、監測棲地環境的變化，發現目前武陵地區溪流棲地趨於穩定，水質亦改善許多。
如今野生族群達6800尾，除了七家灣溪流域有穩定且能健康成長的臺灣櫻花鉤吻鮭族群，並成功於羅葉尾溪建立衛星族群，許多歷史溪流如合歡溪及有勝溪也有國寶魚之蹤跡，對照1992年雪霸處成立之初僅有253尾的調查紀錄，國寶魚滅種之危機似乎稍稍舒緩。然而，復育鮭魚重返歷史棲地自在悠游，仍是雪霸處持續努力的目標!
改善防砂壩，增加國寶魚避難空間
雪霸處於2011年5月完成七家灣溪一號壩改善工程，壩體改善8年後監測結果顯示，水質短時間內即可回復；水棲昆蟲群集約2.5個月回復；藻類、蝌蚪密度也已回復；拆壩後形成的生態廊道可讓被颱風洪水沖到下游的臺灣櫻花鉤吻鮭有機會在回到上游水溫較低的棲地，除了擴大繁殖區域外，亦可提升鮭魚對抗每年颱風洪水的能力。
復舊造林、徵收8.1公頃土地植樹造林，改善棲地水質
武陵地區早期農墾開發，大量的農藥肥料造成水質劣化，土壤沖刷嚴重，影響溪流棲地環境。經由農場轉型以及雪霸處回收農地植樹造林後，水質長期監測結果顯示，8.1公頃回收農地之區域氮鹽濃度明顯降低，顯見農地回收確實達到一定成效。
設立「臺灣櫻花鉤吻鮭生態中心」，涵蓋環境教育、學術研究及種源保存三功能
為避免野外族群滅絕之危機，進行種源保存，並結合環境教育思維，於2005年興建完成國內首座國寶魚完全養殖及研究中心，民眾可於「臺灣櫻花鉤吻鮭生態中心」近距離觀賞珍貴的國寶魚並了解其復育歷程，每年約有94,000人次參觀。
送鮭魚返鄉，重返歷史溪流，建立衛星族群
經研究調查發現在國寶魚繁殖期受颱風暴雨洪水的衝擊是影響族群存活的關鍵，因此透過移地保育，建立衛星族群，來分散風險，且藉由擴大族群分布，以擴大基因交流，達成基因多樣性之目標。
2006年開始陸續放流至司界蘭溪、南湖溪、羅葉尾溪、樂山溪、志樂溪等，並且結合當地社區力量成立環山、南山松茂國寶魚巡守隊，前年更與太魯閣國家公園管理處跨域合作至合歡溪放流，同時結合翠巒及華岡2部落成立翠華國寶魚巡守隊，共同守護國寶魚。