武陵地區七家灣溪為國寶魚櫻花鉤吻鮭（Oncorhynchus masou formosanus）之主要棲息地，因而對武陵地區的溪流進行水質分析監測是一項很重要的工作。在武陵遊憩區內包括了七家灣溪、有勝溪、高山溪三大主要水系，七家灣溪為大甲溪上游的主要支流，由北方的桃山西溪與桃山北溪匯流而成，並在下游匯入高山溪形成七家灣溪流域。
櫻花鉤吻鮭在日治時代的分布遍及整個大甲溪上游，包括合歡溪、南湖溪、司界蘭溪、七家灣溪及有勝溪等支流都曾是其棲息範圍，但自中橫公路開闢後，人為活動增加，非法電魚、毒魚等活動盛行，使得櫻花鉤吻鮭之數量急劇下降，而武陵地區目前之觀光與農耕活動，亦增加了許多人為的污染產生，其污染的輸出大多是利用降雨沖刷所造成之表面逕流，使得污染物快速且大量進入水體，進而影響溪流水體品質。
為保育櫻花鉤吻鮭能永久在此溪流生存，雪霸國家公園管理處委託研究人員定期至七家灣溪採集水體樣品，而後將樣品冰存運送至實驗室進行實驗，利用分析水樣之物理與化學特性來判斷溪流水質之優劣。
武陵地區溪流水質情況除部分河段氮濃度達3.09 ppm、磷濃度達0.02 ppm較高外，其餘物質目前皆無超過櫻花吻鉤鮭生存水質標準。武陵地區各溪流的硝酸鹽氮含量在七家灣上游的測站點濃度低於0.5 ppm，下游測站點濃度明顯均較上游提高至1-2.5 ppm，然而硝酸鹽氮主要的來源為含氮的肥料使用，經過雨水產生的逕流而流入河川中，因而可以從溪流中所含的硝酸鹽氮濃度觀測到農耕行為所輸入的污染對武陵地區溪流所造成的影響。在磷的方面， 自然界中的含磷量並不多，溪流中磷的主要來源為清潔劑與施肥兩種型式，磷酸鹽的濃度在高山溪與桃山北溪無農業活動的地方其磷酸鹽的濃度均量測不到，僅在七家灣溪中、下游處（二號壩、一號壩、迎賓橋、萬壽橋）及有勝溪與司界蘭溪下游處偵測到磷酸鹽的濃度，由此可見人為活動對溪流水質之影響。
每年的11月至隔年的4月為河川的枯水期，河川流量銳減，將造成溪流中污染物質濃度的提高；在6-10月時期正值颱風季節為豐水期，河川流量增加，故污染物質濃度相對於枯水期而言，有較低之趨勢，故此一時期水質狀況對溪流生物影響較小，反而是颱風、豪雨等單一次水文事件可能造成溪流內生態之劇變。
近年來，雪霸國家公園管理處積極採取櫻花鉤吻鮭之復育工作，且武陵農場也計畫逐步收回耕作之農地，轉而造林或僅開放部分土地作為觀光農園，並配合研究人員長期之環境監測，期使櫻花鉤吻鮭得以永續生存，並重新遍及整個大甲溪上游