台灣櫻花鉤吻鮭為雪霸國家公園之國寶級明星物種，集全國國民之寵愛，動見觀瞻，具有生態保育之指標性，及國際性知名度，其重要性不言可喻。11年來（民國83-94年）雪霸國家公園所有之研究案件共有183件，其中台灣櫻花鉤吻鮭占29件（15.8%）。此期間雖聚集許多專家學者投入保育工作，但由於全國國民愛之深，保育成果屢受國內媒體抨擊，責之切。雪霸國家公園之保育工作項目眾多，但保育工作有輕重緩急之分，優先執行台灣櫻花鉤吻鮭之保育計畫應為上策。所以找對保育方向，提高研究經費，挹注更多優秀人力，充分運用國際合作，以期盡速達到保育台灣櫻花鉤吻鮭之目的，報答國人殷切之期待，建立台灣復育和保育生物的典範，更同時打響台灣在保育上努力的國際知名度。茲將會議中有關如何保育台灣櫻花鉤吻鮭的結論和共識，以及所需工作項目整理歸納如圖1：
圖1、以（1）就地保育insitu和（2）異地保育exsitu保護台灣櫻花鉤吻鮭是2000年台灣櫻花鉤吻鮭保育研究國際研討會的共識。
圖2、就地保育(保存；insitu)和異地保育 (保全；exsitu)一如車之兩輪相輔相成不可偏廢，方可成功保護瀕危物種。
行政院農業委員會於2000年4月10-13日在台中縣集集鎮行政院農委會特有生物研究保育中心召集台灣、美國、加拿大、日本等專家專者及政府相關部門人員共六十餘人舉辦台灣櫻花鉤吻鮭保育研究國際研討會（Workshop on conservation of the Taiwan masou salmon Salmo（Oncorhynchus masou formosanus）（Jordan and Oshima，2000））。
可見與會人員均有以（1）就地保育（in situ）和（2）異地保育（ex situ）兩大方式，來保存台灣櫻花鉤吻鮭的多樣性和保護台灣櫻花鉤吻鮭 種質資源的共識。一般建立異地保育，應對物種族群的遺傳結構有較深切的了解，有較好的採樣技術，以及有效的維持措施方能事半功倍。雖然保護棲地（就地保育）遠比異地保育對某些個別物種更有效並且一勞永逸。但在可能的條件下，應該結合使用就地保育和異地保育，雙管齊下一如車之兩輪相輔相成，如此方可提高保護瀕危生物資源及獲得生物多樣性的效果（圖2）。
因此未來除了繼續棲地保育之外，由於在七家灣溪若發生一次集集版的921大震災、超級大颱風土石流或大規模的火燒山都有可能完全毀滅台灣櫻花鉤吻鮭，國內外產官學研之專家學者咸認宜儘速進行異地保育的計畫，避免將所有雞蛋放在同一個籃子（棲地保育）的風險。
由於異地保育的項目繁多，但是宜優先執行的工作則為：興建復育養殖場完成台灣櫻花鉤吻鮭的完全養殖，以建立衛星族群、成立種原庫保存族群之基因變異，維持物種多樣性、開發創新的鮭魚保育等技巧，確實有效以人為方式在圈養環境（七家灣畔保育區域和保育區域外）掌握台灣櫻花鉤吻鮭的繁衍。再將所生產復育的人工魚苗放流至歷史上曾記錄有台灣櫻花鉤吻鮭出現的河川等棲地，由大自然篩選淘汰完成台灣櫻花鉤吻鮭的自然演化。
為了充分瞭解一個族群，外在因素至少必須知道台灣櫻花鉤吻鮭族群的數目、年齡組成、性比、體長體重肥滿度、成熟最小生物體型、產卵數、生活史；內在因素則應該瞭解其基因結構和其多樣性（圖3）。另外，也應調查台灣櫻花鉤吻鮭之胃內含物調查食性，種類、比重、季節變化等。胃內含物的多寡是否反應出台灣櫻花鉤吻鮭肥滿度？也可藉以微觀探討微棲地的變動。分析耳石可以得知年齡組成。
圖3、以瞭解台灣櫻花鉤吻鮭生物學為中心，依緩急輕重由近而遠逐步展開各種保育工作。
至於放流人工復育種魚、掩埋人工復育發眼卵、甚至各種體長的人工復育魚苗回天然棲地時都應該標記（體外或體內；更好能繼代遺傳辨識）以利以後的各種評估，例如人工放流的成效，棲地的台灣櫻花鉤吻鮭生物的承載量等等。分子標記不但可評估放流效果，也可以同時監測族群遺傳結構經時和魚隻間親原關係跨世代的演化。關於放流效果評估則有必要使用先進之電魚技術，既確實、快速、有效、經濟、科學且又不傷害魚體，不但可驗證到目前為止以目視方法估算魚群數目的誤差，提高其準確度，同時方知台灣櫻花鉤吻鮭的有效族群數目（effective population size），始可決定應放流魚數，進行有科學根據的族群監測管理。
歷年採集野生台灣櫻花鉤吻鮭進行每年例行人工復育工作時，往往發現採集到的種魚中有已達成熟最小體型的雄魚，卻呈現精巢萎縮不孕的現象。日本育種專家小野里教授已排除三倍體是造成此現象的原因。由於七家灣流域農業活動頻繁，由來已久（約30年以上），經營農業產生累積之副產品（環境荷爾蒙）可能是原因之一，宜盡快調查。
以發報器追蹤台灣櫻花鉤吻鮭在七家灣棲地的上下游日夜移動行為，發現種魚大半時間都躲在岩石（51％）和緩流部（23％）。應繼續研究以發覺颱風時台灣櫻花鉤吻鮭的避難所，藉以改進和彌補棲地保育時實施的生態工法之盲點應可行。因為此等研究亦可確認適合築產卵巢場所和數目的變遷及發現我們可能忽視掉的湧水和河川伏流水地點。
瞭解基因結構和其多樣性是為了確保台灣櫻花鉤吻鮭的永續生存，因為維持台灣櫻花鉤吻鮭族群基因的變異度，是生物適應瞬息萬變的環境之本錢。因此調查現有台灣櫻花鉤吻鮭族群基因的結構，瞭解釐清河川族群間的遺傳關連，至少要能妥善保存現狀，否則反而會因為不當的放流，稀釋取代原本野生族群的多樣性，犯下不可逆和不能彌補的錯誤。
現今台灣櫻花鉤吻鮭的困境不只是數量上的銳減，更有多樣性逐年消失基因庫急遽委縮的危機，因此種源庫的建立相對重要，尤其是保存台灣櫻花鉤吻鮭之配子和胚胎更是勢在必行。一如進行中的其他台灣櫻花鉤吻鮭的就地之棲地復育計劃，基因或基因組銀行這項工作就好像買保險，能保障國寶魚－台灣櫻花鉤吻鮭族群的免於滅絕。所以有需要增列凍結精子、原始生殖細胞和精原細胞的保種研究。即時引進已成熟的鮭魚「代理孕母」科技更會為台灣櫻花鉤吻鮭的保育多一層保障（圖4）。
圖4、冷凍基因庫是保存台灣櫻花鉤吻鮭遺傳多樣性之利器。
讓台灣櫻花鉤吻鮭自己繁衍不再假借人為干擾，應是保育台灣櫻花鉤吻鮭的終極目標。因此尋覓合適的棲地讓其能自己完成生活史自然很重要。放流至德基水庫應是可以考慮的方案。
自從接觸台灣櫻花鉤吻鮭至今10載。由於保育工作漸上正軌， 台灣櫻花鉤吻鮭生態中心於去年開始運轉，且發揮預期功效，今年 把所生產復育的1年齡人工魚苗放流至歷史上曾記錄有台灣櫻花鉤吻鮭出現的司界蘭溪和南湖溪等棲地。我們對台灣櫻花鉤吻鮭在不久的將來自己會繁衍完成生活史，達到保育台灣櫻花鉤吻鮭的目的深具信心。最近我們分析台灣櫻花鉤吻鮭的粒線體基因組更發現台灣櫻花鉤吻鮭比日本櫻鮭家族成員（除了琵琶鮭）更原始。台灣在保育台灣櫻花鉤吻鮭的努力應可以打響國際知名度，再創台灣之光。