台灣櫻花鉤吻鮭是冰河時期孑遺的珍貴物種，是北半球鮭魚分佈最南限，冰河時期海平面下降，改變櫻花鉤吻鮭洄游到大海的習性，被阻隔在大甲溪上游之高山溪流中，成為陸封性的鮭魚。過去在日治時代，在大甲溪上游之六條支流中，包括南湖溪均有櫻花鉤吻鮭之分佈，但隨時間之演進，最後僅生存於七家灣溪及高山溪。近年來雪霸國家公園管理處致力於櫻花鉤吻鮭之復育工作，並且進行移地保育工程，亦就是在自然原生地以外的地方進行物種的保育，物種保育整體的經營管理可劃分為就地和遷地行動。前者著重在自然族群和生態系統，立即的保護和復育，而後者朝向發展移地的基因保存能力，以便保護物種免於全然絕滅，並補充或復育自然族群。移地保育就像是備份一樣；有時又是一種暫時性的替換手段，目前已逐年在司界蘭溪及南湖溪進行放流，希冀國寶魚櫻花鉤吻鮭可重新悠游於歷史之溪流中。
南湖溪為大甲溪最大的支流，長約30公里，發源於南湖大山、南湖南山、中央尖山、無名山等中央山脈北側斜面3,500公尺以上山麓附近。南湖溪與大甲溪呈現並行流路，另有支流耳無溪，由無名山起源，約10.5公里長。於環山部落與合歡溪匯流之後，注入大甲溪，雪霸國家公園管理處於近三年均持續進行放流工作。惟過去南湖溪之溪流生態環境監測與評估之數據較為缺乏，亦無法與櫻花鉤吻鮭目前生存之七家灣溪及高山溪流進行客觀之比較。故本研究團隊針對南湖溪進行環境生態之初步評估，主要調查對象包括水質、溪流物理棲地與水生昆蟲調查三項。
南湖溪之水中濁度若在乾季數值與七家灣溪近似，惟在雨季，特別是颱風過後（如2008年之辛樂克及薔蜜二個颱風侵襲後），由於邊坡較不穩定，上游山壁崩落，導致整條南湖溪水中濁度（15～27 NTU）皆較七家灣溪高出許多，且遠超過視覺性攝食魚種生存環境濁度不得高於5 NTU之需求。2、4月枯水期之導電度與硫酸鹽濃度值明顯偏高，7月份為豐水期和10月份受颱風影響，故導電度與硫酸鹽濃度即有降低的現象，目前觀察與七家灣溪流域ㄧ樣呈現季節性的變化。南湖溪溶氧值介於8~11，皆呈現過飽和的現象，與整個七家灣溪流域相當接近。營養鹽部分因南湖溪沿岸附近均無農耕活動，所以硝酸鹽濃度均低於七家灣溪的各個測站，但7月份磷酸鹽濃度均較七家灣溪各樣站濃度高，其原因則得更多之採樣調查結果及分析始能判定。南湖溪2、4、7、10月份測站溫度比七家灣溪三個測站的溫度略高，可能肇因於南湖溪之海拔高度均較七家灣溪低，且採樣點周圍無樹林、樹蔭等遮蔽性的天然林木，溪水直接受陽光照射故溫度較高。
在溪流物理棲地之調查結果顯示，4月份在南湖溪四處生態採樣區調查結果發現，在乾季（4月份）七家灣溪一號壩測站無論棲地或是底質分布情況皆相類似於南湖溪；而雨季（11月份）時，南湖溪各樣站之棲地分布及底質分布，與有勝溪測站、一號壩測站、高山溪測站三個測站無明顯之差異。在11月份調查發現，南湖溪各生態採樣點，河道縱向坡降無明顯之變化，皆與4月份調查結果相差不大，對大部分的河道而言，淤多於沖。
南湖溪之水生昆蟲相為47種，較七家灣溪之52種少，但較司界蘭溪之33種多。但相較於七家灣溪流域之水生昆蟲數量在年初時達最高峰，南湖溪卻在年中（約7月）時為數量之高峰，此一現象較不利於櫻花鉤吻鮭之生存，其原因則有待進一步之調查與探討。此外，南湖溪各測站和武陵地區溪流優良參考站的群聚結構相似度高於有勝溪測站(較差參考棲地)。南湖溪上中游之昆蟲組成顯示出具較大體形物種之群聚結構，且7月時中大體型昆蟲數量遠超過武陵地區。