整合型的生態評估已經逐漸受到重視，不僅是一般的研究，更能結合並落實環境生態保育與水質管理目標。快速生物評估法Ⅱ（Rapid bioassessment method Ⅱ，RBPII），是Plafkin 等人於1989年所提出，為集水區溪流環境保育評估指標，以生物評估法為基礎，並利用八項指標評估溪流之損害程度，能滿足溪流生態系和集水區管理需求的整合型生態評估。
近十年來，武陵的七家灣溪臺灣櫻花鉤吻鮭保護區的棲地評估，利用快速生物評估法Ⅱ(RBPII)進行，並以此生態區域中較少受到人類活動干擾的高山溪為參考站，快速生物評估法Ⅱ整合可反應出群聚結構及功能之整合指標，共有八項生物指標，其分別為: 1.：分類群豐度(Taxa Richness)，在採樣站所採獲之水棲昆蟲的分類群。2. Hilsenhoff生物指標(BI)，與科級生物指標(FBI)相同，唯在分類鑑定上，必須至屬或種之層級。3.樣本中刮食者與濾食性採食者個體數之比例(Ratio of Scrapers/Fil. Collectors)。4. 蜉蝣目(Ephemeroptera, E)、積翅目(Plecoptera, P)及毛翅目(Trichoptera, T) EPT三目與搖蚊科(Chironomidae) 豐度之比例(Ratio of EPT and Chironomid Abundances)。5. 優勢科級分類群所佔的百分比(Percent Contribution of Dominant Family)。6. 蜉蝣目(E)、積翅目(P)及毛翅目(T)三目水棲昆蟲的種類數之和(EPT index)。7. 群聚失落指數(Community Loss =(d-a)/d，其中d：在參考站所採獲之全部種類數，a：在採樣站採獲之種類數。8. 樣本中碎食者與全部個體數之比例(Ratio of shredders and Total)。依據和無干擾參考站之相對分數範圍而分別有棲地無損害(>79%)、中度(29~72%)及嚴重損害(<21%)，其中此分數範圍間的不確定區間(如79到72%以及29到21%)，則需要額外棲地的物理化學因子等資訊，方以決定此棲地損害評比。
2003~2013年以快速生物評估法Ⅱ(RBPⅡ指數)評估武陵地區棲地維持在無損害與中度損害之間。各測站於流量暴增後，其評等往往都會趨向劣化，然而流量暴增的情況下，群聚結構變化受此強力的物理因子的影響遠大於水質或棲地因子，群聚結構起先為高留存之抗急流的物種居多，後續發展為快速拓殖的物種為主，因此除非水質或棲地劣化非常嚴重，能快速反應於RBPII評等的情況，在水質或棲地普遍較為良好的地區，流量暴增事件的出現，應等待一段時間，待物種拓殖穩定後，方可用RBPII來評等。除此之外，其中往年皆以颱風過境時，多數測站都一致顯示棲地大幅劣化情況，然而2007年起各測站於颱風季節後棲地劣化幅度較小，且觀魚台測站棲地可維持在無損害程度，且幾乎所有測站2011年颱風季節後，棲地劣化幅度最小，然而於2012年颱風季節後，棲地劣化幅度又再增大；一號壩下游測站首當其衝，由2013年6月~10月維持在中度損害程度，顯現出受到洪水及改善工程的影響，此結果說明了RBPII或許可用來偵測到颱風所引發的洪流對武陵地區溪流之影響，但似乎無法僅與洪流強度有關聯，應還有其他因子的交互作用也包含在內。
農業區下游之觀魚台測站於2006~2013年及RBPII數值波動上下限區間範圍已較以往(2003~2006年)有提升的現象，並且Shannon- Wiener's index也有相似的趨勢，以及於2010年回復監測之二號壩測站(農業區旁)，其Shannon- Wiener's index也較過往為高，表示其多樣性變高及棲地評比變優，與2006年開始進行農地回收有所關聯，且2010~2013年水棲昆蟲數量及中大型食餌比例明顯持續上升並較以往及其他大部分測站為高，因此RBPII數值證實農地回收政策已具有成效，並且Shannon- Wiener's index及水棲昆蟲數量及中大型食餌比例也能佐證這樣的論點，也同時支持RBPII評估之可行性。
圖一、二號壩樣站
圖二、觀魚台樣站