臺灣鮭魚生殖時沒有明顯的產卵遷移洄游活動，通常游移到淺流水域中，展開選擇產卵場、掘築產卵巢、求偶行為、以及產卵和交配等系列的生殖行為。
生殖行為
臺灣鮭魚行體外受精，交配時兩者僅有求偶動作，並無直接交媾行為。雌鮭在受到雄鮭橫越、展現及防衛領土的求偶行為後，會將卵產在先前搧砂挖掘的產卵巢上，雄鮭則在同時將精液排射於卵粒上（通常一尾雌魚可產下約300粒卵），完成受精過程。由於臺灣鮭魚的卵缺乏黏性，無法附著於石頭上，因此卵多埋在石礫間，以免被溪水沖走。臺灣鮭魚的產卵巢，主要由成熟的雌鮭選擇在礫石通氣良好的淺流區，以利於卵的受精與孵育。
生殖策略
長期以來，大甲溪流域上游集水區環境在秋冬兩季時，降雨少、颱風頻度和暴雨洪水的機率也比較小。在溪流水文上，秋季（10至11月）的水量、水位和流速條件，形成寬廣的淺流區，適合臺灣鮭魚的成鮭在此淺灘進行求偶生殖活動。冬季時，水量減小，有利於新生的仔稚鮭棲息與覓食，並且防止體型較小、游泳力較差的仔鮭和稚鮭被洪流沖失。春季間，水量逐漸加大，幼鮭游泳力也增強，開始擴展活動空間。
在食物資源的季節變化上，成熟鮭魚在生殖期前的夏季，攝食力強，除了捕食底棲的水生昆蟲以外，還會躍出水面捕食飛蟲，牠們大量進食，儲備能量，以供秋季求偶產卵所需。在生殖期後的冬季，溪流水量正逢枯水期，溪流中富饒充沛的稚蛹期小型水生昆蟲，是新生稚鮭的食物來源。在這種穩定而可預期的水文變化期間，水生昆蟲種類和數量，使臺灣鮭魚的食物資源豐沛，有利於鮭魚的產卵與孵育，因而成為鮭魚最佳的生育季節。
臺灣鮭魚與其他鮭鱒類相似，生殖期選定在環境穩定和資源配合的季節。因此，臺灣鮭魚適合在可預期或較為穩定的氣候與水文條件下生殖與生長，是獨特環境的有效使用者。
食性
臺灣鮭魚主要以覓食昆蟲類的動物維生；其中尤以長角石蠶和石蠅等水棲性稚蟲為主要食物資源。在經年有水、坡度平緩，而且底石歧異的大甲溪上游森林溪流中，水生昆蟲的種類與數量都均極為豐沛。
鮭魚的攝食行為與食性，隨著生活史轉變，受其棲地型態的影響也很大。通常臺灣鮭魚在夏秋兩季的活動力最為旺盛，牠們穿梭在水石縫間，覓食底棲的水生昆蟲；牠們浮游水面處，攝食上游沖失或河岸環境掉落的漂移類昆蟲；牠們也經常躍出水面，捕食空中的飛行類昆蟲。而冬季時數量更為繁多的稚蟲期水棲昆蟲，則為新生稚鮭重要的食物來源。這種攝食機制，反應出台灣鮭魚能適應在不同環境狀況下，選擇季節性最為豐沛的食物資源，以供生長或生殖所需。
天敵
臺灣鮭魚於秋季繁殖時，溪流中的水量減少，成鮭集中在淺流區進行求偶生殖活動。這時牠們對外界的敏感度降低，再加上較低的水位，常使牠們在不自覺中將背部暴露於水面，增加了被綠簑鷺、河烏、鉛色水鶇、黃魚鴞、紫嘯鶇、翠鳥、鴛鴦等食魚性鳥類啄食的危險。
近十年來，在臺灣鮭魚的分佈範圍內，僅有另一種魚類—鯝魚，與其共同棲息在七家灣溪與高山溪河段。依據汪靜明(Wang,1989)在魚類群集生態研究分析可知，這兩種魚類的生態棲位重疊不多，在食性和棲地使用上也有離化現象；在目前族群數量不大下，兩者彼此的競爭現象尚不明顯。